ZOOM Lite

ZOOM Lite je příští generace mapování sekvencování dat a vizualizační software. Referenční genomy Uživatelé vstupní a Illumina / Solexa krátký čte soubory nebo AB pevná barevný prostor čte soubory v různých formátech, jako je například * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta atd ZOOM výstup mapování výsledky těchto krátkých čte na referenční sekvence. ZOOM Lite má rychlé a přesné mapování jádro na základě nově navržené více od sebe semen teorie. Oba single-end a spárovaná-end přečte různých délek od 15bp na 240bp mohou být řešeny. Jakýkoli počet chyb v párování a jedna inzerce / delece různých délek mezi čtení a jeho cílové oblasti na referenční sekvence jsou povoleny. Jedinečně mapované výsledky nebo nejlepší (TOP N) výsledky za každou čtení bude oznámeno v souladu s minimálními nesouladu a délku INDEL. Skóre kvality jsou využívány ke zvýšení mapování přesnost. Na základě mapování jádře, ZOOM Lite umožňuje uživatelům načíst data místních číst a referenční sekvenci dat, vyberte správné parametry, data proces vysoké množství paralelně mezi až čtyři procesory, monitorovat provozní úkoly, ukládat výsledky mapování, zobrazit grafy Výsledky mapování a výsledky výstup mapování buď * .BED nebo * formáty .GFF souboru pro další průzkum s informacemi prohlížeč sledovat UCSC. Výsledky Mapování lze prohlížet v libovolném měřítku, z hloubky čtení grafu přes celou chromozomu podrobných sekvenčních zarovnání mezi čte a referenční sekvence. Uživatelé snadno navigovat oblastí zájmu jednoduše pomocí kliknutí a táhnout nebo rolování. ZOOM Lite je derivát softwaru ZOOM Studio

Co je nového v této verzi:.

Verze 1.5 obsahuje SAM formát exportu, architektura nastavit, lepší optimalizaci kódu, menší Program binární velikost, a modernizované dabase engining pro lepší výkon.